Setelah disahkannya RUU tentang IE–CEPA, pemerintah akan membuat peraturan pendukung untuk mengimplementasikan IE–CEPA berupa Peraturan Menteri Keuangan (PMK) terkait tata cara pengenaan dan penetapan tarif bea masuk, serta Peraturan Menteri Perdagangan terkait ketentuan surat keterangan asal (SKA).